福州市馬尾區瑯岐島的閩江馬尾對臺綜合客運碼頭與馬祖南竿的直線距離為18海里。從此碼頭前往馬祖的海上航程僅需45分鐘,并可經馬祖前往臺灣島多個城市。該碼頭建設三個泊位及其相應配套設施,其中1號泊位為5000噸級客貨泊位,年貨物通過能力25.2萬噸,年旅客通過能力3.3萬人次;2號與3號泊位為2個500噸級客運泊位,年旅客通過能力53.1萬人次。
福州火車南站是中國鐵路南昌局集團有限公司管轄的一等站,是中國十大區域性鐵路客運交通樞紐之一,是福建省最重要的綜合交通樞紐,也是福州市對外開放的重要門戶。福州南站總建筑面積19.7萬平方米,旅客候車面積21744平方米,于2010年投入使用。